根据《刑事诉讼法》第140条、第141条、第142条之规定，人民检察院审查起诉后可以作出三种决定：补充侦查、起诉、不起诉。若去掉补充侦查这种决定(因此种决定并非最终决定)，则人民检察院审查起诉后能够作出的决定仅有两种：起诉和不起诉。有的论著认为人民检察院还可以撤销案件，这是不正确的。撤销案件仅限于侦查阶段，人民检察院对自行侦查终结的案件可以撤销案件，在审查起诉阶段是不能撤销案件的。但据《人民检察院刑事诉讼规则》第263条之规定，人民检察院审查起诉部门对于本院侦查部门移送审查起诉的案件，发现具有本规则第262条规定的情形之一的，应当退回本院侦查部门，建议作撤销案件的处理。
刑事诉讼法规定的补充侦查、起诉、不起诉三种决定的适用情形，并没有穷尽现实中所有的情形。《刑事诉讼法》第142条规定：“犯罪嫌疑人有本法第15条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”
根据《刑事诉讼法》第15条，应当作出不起诉决定的情形包括：
①情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
②犯罪已过追诉时效期限的;
③经特赦令免除刑罚的;
④依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
⑤犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
⑥其他法律规定免于追究刑事责任的。
很显然，以上情形并不包括犯罪嫌疑人没有实施所指控的犯罪的情形，对此情形应当如何处理，刑事诉讼法并不明确。
对此，《人民检察院刑事诉讼规则》第262条规定：对于公安机关移送审查起诉的案件，发现犯罪嫌疑人没有违法犯罪行为的，应当书面说明理由，将案卷退回公安机关处理;发现犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为的，应当书面说明理由，将案卷退回公安机关并建议公安机关重新侦查。如果犯罪嫌疑人已经被捕，应当撤销逮捕决定，通知公安机关立即释放。