刑事诉讼法第119条规定：“为了查明案情，需要解决案件中某些专门性问题的时候，应当指派、聘请有专门知识的人进行鉴定”。民事诉讼法第72条和行政诉讼法第35条都规定“人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当交由法定鉴定部门鉴定；没有法定鉴定部门的，由人民法院指定鉴定部门鉴定”。 以上规定说明了四个层次的意思，一是鉴定的启动是因为司法机关在办案过程中遇到专门性问题需要解决时提起；二是提起鉴定的机关应是司法机关；三是指派或聘请，指出提起鉴定后，由哪里鉴定须指派、聘请，也就是说司法机关和鉴定机关的关系是“指派”和“聘请”而且应具备相应的形式要件；四是法定部门，没有法定部门的由法院指定。
在司法实践中，鉴定究竟是在立案前还是在立案后，即鉴定程序何时启动。多数办案人员认为，根据民事诉讼法第64条“谁主张谁举证”这一重要举证原则。鉴定结论作为一种证据，应当由当事人或其辩护人自行委托鉴定。事实上，由当事人自行委托鉴定是有很多问题的。鉴定结论是一种特殊的证据，相对其它证据来说，其特殊性表现在它是针对的是办案过程中的专门性问题，办案人员对专门性问题无法鉴别和判断时，运用的是专门的科学技术或者科学知识，专业性较强。它还是三大诉讼法明文规定的应由司法机关提起，法律严肃较高。而且，鉴定本身有一套鉴定程序，程序性较强。以法医学鉴定为例，如果由当事人自行委托鉴定，首先它不能保证案情、伤情、病情的真实性。被鉴定人为了自己的利益，扭曲案情、夸大伤情、隐瞒病情，使鉴定结论的客观性不能得到保障。其次，自行鉴定也不能保证损伤与案件事实的因果关系。被鉴定人为了加大赔偿范围、增加对方的刑事责任，把自己因意外致伤、其它原因造成的损伤，以及原来的损伤或疾病加在一起要求鉴定，致使鉴定结论与损害行为的关联性不能得到保证。再则鉴定结论的合法性也不能得到保障。我国证据采用标准中规定，证据主体必须具备法定条件，证据应当由法定人员依法定程序予以收集，还须具有合法来源。按照三大诉讼法规定，这样的鉴定结论是不合法的鉴定结论，不具证明力，不能作为诉讼证据。另一方面，目前的鉴定体制对于当事人自行委托鉴定具有一定的困难，并且民事诉讼法第64条的规定还包含了“当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集证据或者人民法院认为审理案件需要的证据人民法院应当调查收集”。根据最高人民法院有关司法解释，人民法院认为需要鉴定、勘验的由人民法院负责调查收集。所以无论是从法律规定鉴定提请的程序来说，还是从鉴定结论作为证据的三大属性来说，鉴定程序的启动应是在立案后，通过司法机关委托才启动的。在刑事诉讼案件中，从侦查阶段、起诉阶段和审判阶段都可能启动鉴定程序。对于公安机关，在接到报案后，就应立案调查，收集证据，提请鉴定，以明确案件性质，是自杀还是他杀，是一般伤害或是重伤害。然后根据不同性质的案件作出不同的处理。对于检察机关，在批准逮捕和审查起诉过程中为明确案件的真实情况也可以审查、复核侦查阶段的鉴定结论，同时还可以提出重新鉴定，或对新的专门性问题提出鉴定。法院作为审判机关也是一样的，只要符合立案条件，就应先立案再鉴定。但需要指出的是，在这里所阐述的由司法机关委托鉴定并不排除当事人主张鉴定，当事人主张鉴定的可以通过向司法机关申请，由司法机关审查决定是否鉴定。这一点应该已达成共识，无须赘述。
提请鉴定应该具备鉴定委托书。司法机关与鉴定部门毕竟是性质不同的单位，是司法机关遇到专门性问题需要解决时，两者才联系到一起来的，它们之间存在着委托与被委托的关系，诉讼法中“指派”、“聘请”“指定”等字眼也都包含着这种关系。对于鉴定实际情况来说，需要鉴定什么项目、鉴定的具体要求也是在委托书中体现出来，以便做到有的放矢。就比如起诉必须要起诉书法院才知道其诉讼请求，才能针对诉点平息诉讼一样。不然，要鉴定什么，要求解决的是什么样的专门性问题，鉴定部门和鉴定人都不清楚，谈何鉴定呢。因此鉴定委托书应该是必备的鉴定条件和形式要件。当然，委托有书面的委托、口头的委托。作为鉴定是一种诉讼活动，有比较严格的鉴定程序和鉴定规程，为维护法律的严肃性，笔者认为，书面委托较为妥当。
审查证据是判断证据和采信证据的前提，对鉴定结论的审查更是如此，并且应该更为严谨，认真，因为毕竟其专业性较强，对于大多数办案人员要判断其可信度还是有相当的困难。在司法实践中，审查鉴定结论这一环节的确存在着很多问题。大多数办案人员对于鉴定结论一般都不审查，盲目轻信，拿来就用，出现问题就推给鉴定单位和鉴定人。发现问题不及时反馈给鉴定单位和鉴定人，鉴定人出庭制度也未得到很好的实施，以至于鉴定人一出鉴定结论后就不管了，鉴定错了也不知道，错案责任无法追究，进而滋长了一些鉴定机构和鉴定人只讲经济效益不讲科学和实事求是的不良作风。另一极端就是凭办案经验和职权随意取舍鉴定结论，或者反复重新鉴定，致使案件超越审限，久拖不决等目前司法鉴定中普遍存在的问题。所以加强鉴定结论的审查应该提到一个比较重要的议事日程上来。
笔者认为，审查鉴定结论从审查方式上讲应有三种。一是办案人员的自己审查，这需要办案人员具备一定的审查证据方面的一般素质。如辩证的方法论，崇尚科学和实事求是的办案作风，对不同类型证据的审查方法，审查证据和办理案件的经验积累，办案中经常所涉及学科（比如作为广义法学中的法医学及其它学科）的一些基本常识等等。二是通过专门问题的咨询。通过咨询不仅可以增加办案人员对鉴定结论可信度，还可以增长办案人员有关方面的知识。三是通过法庭质证，论证和辩论核实鉴定结论。这也是证据资料作为定案依据的最后一道关口，相对来说要更加严格一些，它不仅要求依法定程序出示、查证，更应该要求鉴定人出庭认证，接受质询和提问，对于专业知识作一些具体解答。在我国法律中也规定了鉴定人的出庭制度，只是没有得到具体落实和强化实施。[page]
在审查内容上，笔者认为应从以下几方面着手：首先是鉴定主体上进行审查。作为鉴定主体的鉴定机构、鉴定人或鉴定委员会是否合法，是否具有鉴定资格。法律规定，对有关专门性问题的鉴定，有法定鉴定机构的必须由法定鉴定机构进行鉴定，只有在无法定鉴定机构的才由法院指定或委托其它鉴定机构或人员进行鉴定，这说明并不是只要具备专业知识就可以随便进行鉴定的，即便其鉴定结果有可能是正确的。比如临床医生写的伤情证明、再医和再医费用的证明，伤害致死案中由病理学家解剖后作出死亡原因的报告。这些如果不是由法院指定，都是不能作为鉴定结论或者相当于鉴定结论的证据来使用的，因为鉴定主体不合法。还有鉴定主体的鉴定能力的审查，即是否具有解决该专业性问题所具备的知识、技能和经验，有的综合性鉴定部门因涉及学科较多，鉴定人员也不是各门学科都有，或者人员有限，只是在平时办案中知晓一些有关方面的知识，为了承接案件，还是对其本身并不很在行的业务进行鉴定，这种鉴定的准确性是值得怀疑的。另外还要对鉴定人是否具有法律所规定应当回避的情形进行审查，对于可能影响公正的鉴定应视为无效鉴定。第二是鉴定过程的审查。鉴定程序是否合法，鉴定技术手段是否科学，检材、样本或其它鉴定材料来源是否符合鉴定条件，是不是真实可靠，与案件联系的紧密程度，能否作为有关鉴定结论的基础等。比如病情材料中的伤口长度与实际长度的比较，X光片或CT片的报告单结果与实际读片的结果是不是一致，这些应该在鉴定书上反映出来。有时个别医生为某种利益驱动，片子所显示的结果与报告单上写的结果并不相同。第三就是审查鉴定书的形式和内容。鉴定书一般都包括绪言、简单案情、检材、检验记录、检验方法、分析说明、鉴定结论、结尾。其中检材和检验记录是基础，应审查其客观性、真实性。检验方法是保障，应审查其科学性和合理性。分析说明部分尤为重要，应重点审查。因为它主要说明的是通过这些客观条件和科学的方法，如何得出的鉴定结论，是整个鉴定过程的高度浓缩和鉴定书的精华所在。在法医学鉴定书中的分析说明应包括检验到的客观情况、收集到的文字材料、作过的物理学检查，通过这些得出的法医学诊断以及为什么这样诊断。据此又依照什么鉴定标准，为什么用这个标准，最后得出一个什么样的鉴定结论。其逻辑性是相当强的，它是检验鉴定文书质量好坏的一个重要标志，还是鉴定结论是否正确的重要保证。在实际办案过程中，我们所看到的法医学鉴定书有很多都不一定符合这个要求，这需要改进。办案人员在审查时应着重审查其推理的逻辑性、分析的合理性，因果关系是否清楚，运用标准是否准确得当等。另外，还须注意到鉴定书的结尾部分。鉴定机构、鉴定人的签名盖章，鉴定日期。以及多页鉴定书是否加盖了骑缝章，鉴定书文字上是否有涂改现象等。
当然，以上所列的很多问题都可以通过重新规范鉴定的各种制度，鉴定人出庭或者鉴定专家辩论等，从而得到很好的解决，但是目前司法鉴定体制的不完善，鉴定人出庭制度并未得落实，专家辩论更有待探讨。办案人员掌握如何运用和审查鉴定结论当属必要。总之，为了能够充分保障司法公正，鉴定结论作为一种证据，它本身是对事物的一种鉴别，对于鉴定结论，我们的司法人员在办案过程中也应有一个鉴别。特别是在运用和审查鉴定结论方面作更多有益的探索。